此中间，不管章子俊上疏怎么阻拦都不见效果，该来的还是来了。
对这一次广西围剿，朝廷分成了两派，一派为朝中阁老刘吉为首的主战派，另一派为吏部尚书王恕、户部尚书李敏的招安议和派，李敏上言，朝廷经不起刀兵了，户部没钱粮。而刘吉认为从天顺起，朝廷对“暴民”从不姑息，加上新皇新政，更因该采用强制手段来彰宣朝廷的威严。其实刘吉就是给王恕、李敏等人上眼药，为反对而反对。作为兵部尚书的马文升此时因儿子杀人，正请辞中，这让刘吉的主战请求占了上风。
起因还的从前年说起，监察御史汤鼐与庶吉士邹智、中书舍人吉人、进士李文祥等屡次上章弹劾大学士刘吉等人。刘吉能从成化起到目前的弘治在内阁屹立不倒不是没有功夫的，刘吉就与御史魏章相勾结，诬陷汤鼐等私立朋党，抵毁时政。新皇初任，当然是相信老臣之言，便命皆逮之于狱。得到了皇上的肯定后，刘吉便要将邹智、吉人、李文祥等人一网打尽，幸赖吏部尚书王恕、刑部尚书何乔新、侍郎彭韶鼎力相救。最后，汤鼐戍肃州（甘肃酒泉），吉人削籍、邹智、李文祥等谪官。
后刘吉又结南京守备太监蒋琮等，兴南京监察御史姜绾之狱。时蒋琮在南京大肆掠夺民田，百姓失田却要承担岁额租课，姜琯乃上章弹劾其十罪。会南京宦官陈祖生违制垦后湖（江苏江宁北）之田，湖为之淤，而后湖为贮藏黄册之重地，监后湖黄册的南京主事卢锦、给事中方向乃上章弹劾陈祖生之违法诸事。于是蒋琮、陈祖生与刘吉合谋陷害南京言官。
应天府（南京）尹杨守随奉令勘实蒋琮之罪，为卢锦、方向鸣冤。朱佑樘竟听信蒋琮之谗言，罢卢锦之职，方向、杨守随被谪，姜绾等数十人皆被下狱，而置蒋琮、陈祖生于不问。吏部尚书王恕、户部尚书李敏等上言为之辩解，但新皇听信刘吉等人，于是两京台署为之一空，整个官场朝堂侧目。
所以这一次的广西兵事，无论章子俊上疏反对，犹如石沉大海，最后还是动了刀兵。有道是兵马未动，粮草先行，章子俊作为朝廷派遣广西的都察院右副都御史，正三品的官价属于朝廷大员了，加上又是文华殿大学士及太子少傅等虚衔，还有一个平安伯的职称，手握皇帝亲书的“尚方宝剑”在广西职权已是所有官职之上，无人能撼动，连广西总督都御史秦纮也要听从。
既然朝廷下旨让秦纮领兵，那么章子俊就搞后勤，首先就是把需要的军需粮草等物资调配到各地兵营。莫掌柜的“顺发快递”忙得不亦乐乎。整整一个多月水路的船运还是陆路的驴马队，都在运送粮食及兵士，大战即将开始。