正当小智带着小光，在古代时间节点，解决了奇辛这个隐患，成功地得到真正的生命宝玉，寻找达摩斯，归还生命宝玉给阿尔宙斯之际。
此时的现代时空，乌云蔽日，太阳被其遮挡，是预言中的日全食的日子。
一只散发着金色的神圣光芒，如同麒麟一般神圣，穿过透明的通道，眼神中充满怒火的来到神殿遗迹上空。
“我必须给予米季纳的制裁，因为，时间已经到了，人类必须受到制裁和惩罚！”
随着一道威严的声音在四周响起，小刚，穗乃香和希娜几人还没反应过来。
就见到天空中，出现了一只腰间悬着十字架轮状物，外观看着有点像羊驼的神奇宝贝。
它的身后还伴随着十二块石板，金色光芒笼罩着四周，神圣，不可侵犯，那就是传说中的神奇宝贝，有着超越一级神的实力。
著名的创世神，阿尔宙斯，它是神奇宝贝世界的创造者，是最强的超级神明。
“吼~”
“哈~”
“吼~”
见到阿尔宙斯已经现身，时间之神的帝牙卢卡，空间之神的帕路奇犽，还有反转之神的骑拉帝纳，这三只一级神的神奇宝贝，彻底现身。
它们准备先和阿尔宙斯，好好谈谈，来一个先礼后兵，可惜的是，已经被愤怒冲昏头脑的阿尔宙斯，自然不听它们。
以至于，神奥三神，只能捏着鼻子，和作为上级的阿尔宙斯，来了一场激烈的物理意见交流。
“可恶，身为神明，还有我的下属，你们居然选择帮助人类，真是可恶，那就一起接受制裁吧！”
哪怕是阿尔宙斯，在看到自己手下，神奥三神跟它动手。
它自然怒火中烧，使出浑身解数，对着帝牙卢卡，帕路奇犽和骑拉帝纳来一波激烈的交流。
面对着创世神的阿尔宙斯，所有人，乃至于神奥三神，都只能默默祈祷着小智和小光能早点获得生命宝玉，彻底平息阿尔宙斯的愤怒。
……….
此时，小智带着皮卡丘和小光，依照前世的剧情记忆，来到一处山洞前，还没说什么。
小光则是好奇地打量着四周，问道：“说起来，达摩斯到底在哪里啊？”
“砰~”
小智只是轻轻一笑，牵起小光的秀腕，看着不远处，一颗被掀开的岩石，说着：“有神奇宝贝会帮我们。”
“呀～，那边有动静！”
小光顺着小智的目光看去，就看到不远处一颗岩石被弄开，一只电气老鼠从洞口出现，眼冒爱心。
“啊～，原来是皮丘，好可爱啊！”
望着眼前的皮丘，小光更是爱惜不已，想着将对方抱在怀里，好好贴贴脸颊。
“皮卡？！”
相比于小光的兴奋，皮卡丘则是立即从小智的肩膀上跳下，来到了皮丘面前，在交流一番后，就伸出尾巴与其贴贴。
而小智正是通过皮卡丘和皮丘的交流得知，才知晓这只皮丘的主人，正是达摩斯。
而达摩斯正被之前的奇辛给关在山洞的地牢中，皮丘正是想在外面寻求帮助，以解救主人达摩斯。
见此，小智自然答应，带着皮卡丘，小光，好好跟着皮丘，成功进入了山洞。
很快，就在一处地牢中，找到了达摩斯，小智则是让皮卡丘使用了铁尾，轻松解决了守卫，还将门锁打坏，见到了达摩斯。
“感谢各位的帮助！”
在成功营救出达摩斯之后，达摩斯在得知小智和小光是来自于未来时空，很是震惊，又表示感谢和佩服。
“没想到，居然会有未来之人，能穿梭时空，而且，小智，你还拥有着波导，太让人难以置信了。”
见达摩斯还要发表感叹，小智则是连忙出口，打断了他，并提出建议。
“行了，达摩斯先生，我们还是赶紧将生命宝玉归还给阿尔宙斯吧！”
“好。”
达摩斯自然知晓事态紧急，带着小智几人来到一处祭坛，归还上了生命宝玉，完成和阿尔宙斯的约定。
与此同时，达摩斯还和阿尔宙斯讲述起小智的功劳，以及他身上的波导之力和两股神秘力量。
“嗯，感谢你，小智，皮卡丘，还有各位，你们永远都是我的朋友。”
阿尔宙斯在成功拿到生命宝玉，将其化为石板，望着小智表达了感谢之情，随即就将小智，小光和皮卡丘一起送回了现代时空。
……
现代时空
此时，刚返回的小智，小光和皮卡丘就看到此时神殿周围，满是断壁残垣。
而身为神奥地区的三只一级神，却在苦苦抵抗着阿尔宙斯，它们浑身上下满是伤痕。
“你们回来了？”
希娜在得知小智和小光成功归还了生命宝玉，不可置信地说着：“可是阿尔宙斯，还是在震怒之中，完全听不进任何人的言语。”
“额？这么猛！”
小智抬头看着阿尔宙斯，直接使用起波导之力的心灵感应，准备和它好好聊聊。
“人类，必须接受制裁！”
与此同时，正在高空之中的阿尔宙斯仍然一副不可侵犯，内心满是怒