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第一军之司令长官由近卫师团长曹文耀升任，所留师团长一职由伍福铭接任。
整编命令下达后，第一军所属皇军官兵达到了36000余人，而当面之幕府日军约在80000人左右。
日军攻击奈良不顺，伤亡数千，明国军队又在大坂登陆，其战法新颖，排枪犀利，日军传统战法难以克敌，不得不收缩兵力后撤京都一线，从而迫使明国军队后勤补给线拉长，寻找战机以求歼灭有可能孤军深入的明国军队一部。
幕府所封大小强藩206除萨摩岛津，肥前有马等二十余“逆藩”外，其余各藩都已接到幕府的调兵令。
这些大小藩国强者能出兵数千不等，弱者只数百甚至数十。对比皇明，大体便如魏公公所言县长树旗、镇长吹号、村长来战。
京都及江户附近的近藩，也就是德川家族的家属藩国都已起兵，他们的封地因为就在近畿附近，所以行动迅速，能够调动三万左右藩军助战。
当年随德川家康征战四方忠心家臣受封的藩国也绝大多数响应幕府号召，但是因为萨摩、肥前等“逆藩”断绝了南北交通，一时之间无法向京都集结。
而更多的藩国则是在战争中投降幕府的那些大名，这些人本就无法取得幕府信任，封地一般也在边远地区，所以这些藩国几乎都没有支援幕府的意思。其境内“失败主义”论调占了上流。
即便最终选择出兵支援幕府，他们也要面临境内倒幕军和“逆藩”的阻挠，根本无法帮助幕府对抗明国军队。
德川秀忠对此也是深刻认知，所以在发出调兵令后并没有严厉催促那些远藩。
这个时候，远藩们能够不公开反对征夷大将军，就是秀忠最大的胜利了。
奈良之战的不顺利并没有告知京都的朝廷，哪怕那个年轻的天皇是自己执意要嫁女的女婿，秀忠也依旧无意向后水尾透露半点战争动向。
近藩的陆续增援坚定了秀忠在京都决战的信心，但在定下后撤计划之后，秀忠却死抱着将军不可轻易撤退的脸面，以及幻想能够多抵挡明国军队数天，为各地增援勤幕的藩军争取时间，故迟迟不肯下令总后撤。
甚至在26日，秀忠还亲自指挥旗本，也就是将军的近卫武士军团对奈良之明军发起了一次万人规模的攻势，在付出一百多卫近卫武士的生命之后，秀忠不得不下令收兵。
29日，秀忠终于下令全线撤退。
然而，秀忠的死要面子耽搁了撤退时间，致使前线本应立即后撤的日军各部发生了大乱，部分日军收到撤退消息过迟，为避免被明军合围，一些日军将领下令部下自行组织撤退。
最终撤退时，因没有讲明各部队撤退顺序，八万多幕府中央军将士挤在通往京都的两条道路上，不但撤退变得拥堵，还遭受明国军队的强烈打击，苦不堪言。
大撤退很快就变成了大溃逃。
驻防在奈良东面和束町一线的近卫师团步兵第五联队在没有师团命令的前提下，果断抓住战机尾随追击撤退之日军，向京都孤军深入。
在联队长丁孝恭的指挥带领下，第五步兵联队用了两天时间就攻占了奈良和京都的重要通道、日本平安时代贵族的别墅地宇治。为了取暖，第五步兵联队拆毁了宇治名胜平等院及上神社。
随后，第五步兵联队以神速向京都方向挺进，在最前线的第二大队有两名年轻的军官发起了竞争，约定谁斩杀的倭寇最多，谁就是兄长。
其中一人是百户崔元吉，另一个是百户有麻。
崔元吉是原皇明金州卫军出身，有麻是原侵朝日军第二军铁枪足轻出身。
竞争过程中，崔元吉首先斩杀了36名撤退日军，有麻稍次，只斩杀了25人。
在京都东南方向的木开吉马，二人暂时分开，各自随部队做大移动。第二天，崔元吉听说有麻在一无名村庄包围了一股倭寇，率先冲入斩杀了6名倭兵。不甘示弱的崔元吉立即带领部下搜索附近村庄，斩杀掉队倭兵18人。
最终，第五步兵联队在距离京都只有几十里的上醍醐陵停止了前进脚步，而这个时候崔元吉和有麻各自斩杀了78名倭兵和62名倭兵。
有麻爽快认输，但又提出了一个新的竞争：“那么，这一次是我输了，但是，即将到来的京都之战，我与兄长约定，谁先入京都谁的战利品缴获就归对方！”
“我这个百户当了两年多了，一直升不上去，这一次能不能当上千户，全看京都之战了！”
崔元吉哈哈一笑接下了新的竞争赌约。
日军方面，因为混乱的大溃逃竟然造成了伤亡数千，约万人部队下落不明的奇耻。
甚至，因勇武过人，被织田信长称作“花实兼备之将”，被丰臣秀吉称作“日本第一、古今独步之勇士”，世称“三河飞将”、“鬼之平八”、“日本之张飞”、“战国第一猛将”的本多忠胜之子本多忠政也在撤退时不知下落。
另一位大将、家康时代“四大天王”之一的井伊直政之子井伊直胜更是被明国军队生擒。
井伊直胜被生擒完全是一次意外，其部日军在撤退时遭到皇军近卫师团第六步兵联队的追击，