主线背景:
在数码世界一千年以前，以黑暗系数码兽为首领的病毒种们为了统治数码世界，向整个数码世界发动了侵略战争。而三大天使们为了守护数码世界不得不抵抗敌人。
代表不同阵营的七大魔王也突然出现。由于七大魔王的实力太过于强大，天使型数码兽们开始节节败退。
因为战争过于激烈，数码世界的平衡受到了严重影响，世界树的意志——伊古德拉希尔于是派遣皇家骑士们前往协助三大天使。
但由于战争太过残酷，在牺牲了数名皇家骑士的情况下终于将七大魔王击败并分别封印在黑暗区域的不同位置，而三大天使也只剩座天使兽活了下来。
一千年之后，数码兽开始大量增加，被终端电脑世界树管理着的数码世界因为不断膨胀的数据量而再次面临崩溃的危机。
而在人类世界，十年前，世界各地也开始出现异常，莫名不断的有人类失踪，甚至有人亲眼看到怪兽。
同时，当时作为科研人员的山崎美咲的父母通过调查，可以肯定人类世界的次元出现了扭曲，有另一个不为所知的世界和人类世界有着关联。在多日的研究下，美咲的父母发明了通往异世界的次元之门。可是在一次实验中，7岁的山崎美咲在观看父母的实验时，次元门突然发生故障，大量的数据从异世界涌向人类世界，一时间所有的仪器电路负载，实验室也被庞大的电流炸毁，美咲的父母和那些研究人员都不幸在这次事故里面丧生，而美咲自己也被吸入了异世界。
往后的时间里，怪兽袭击人类世界的事件变得更加频繁，人类随即成立了与之相关的秘密组织，将误入人类世界的数码兽击溃，并将它们重新变成数码蛋送回数码世界。
然而，随着数码兽的陆续增多，终于有人意识到应该是有谁刻意让数码兽来人类世界进行攻击。
直到妖狐兽的出现，才说出数码世界面临毁灭命运的真相，而袭击人类世界的数码兽们也是那个神秘幕后黑手的部下，并从中得知它打算正式入侵人类世界。
于是，人类联合正义一方的数码兽与邪恶势力展开了激斗，最终勉强击败了对方，总算让数码世界和人类世界的秩序得到了暂时性的恢复。小美咲也在这个事件后，被妖狐兽从数码世界中救了回来，跟她一起回来的还有一只数码兽——小妖兽，并且小美咲获得了象征人类与数码兽之间存在「羁绊」关系的全新数码暴龙机D-Seed。可是美咲回到人类世界以后，因受到失去双亲的打击，加上她在数码世界受了伤，丢失了自己曾在数码世界中游荡的那段记忆，直到两年后，小妖兽重新出现在了美咲身边。
经过了这么一系列让人悲伤的事件后，从世界树的意志那得知，这次的袭击事件其实并没有想象的那么简单，随后十年，人类迅速成立了DTF——数码特别行动小队，并建立了人类与数码兽可以共存的网络「虚拟空间」，以此来维护数码世界与人类世界的和平，并借此机会欲探寻当年事件的真相。
DTF：
全称是Digital Task Force。直属面向数码世界外交部的特殊机构，同时也是虚拟空间的主管部门，这里聚集了对数码世界秉持友好态度的学者和工作人员。
一切对虚拟空间的开发利用和人员往来都需要经过DTF的审核，主要职责是维持虚拟空间的和平稳定。但由于职能繁多，因此长期处于人手不足的状态。
虚拟空间：
经过DTF的研究发现，数码世界与人类世界交往过于密切会影响两个世界的稳定，加上时常发生数码兽对人类世界造成破坏的事故，在这样的前提下，DTF开始了对虚拟空间的研发。
通过对晶界兽和数码世界的研究，开辟出了一个新的次元空间。这个空间介于人类世界和数码世界之间，人类与数码兽可以共存的特殊世界，构造更接近于网络的虚拟世界，而不仅仅再是人类世界的投影。利用接入主机的代码，可以在这个空间的任意地点建造任意的建筑景观。
因为不明原因，空间会以缓慢的速度逐渐扩张，为了安全起见，DTF在现有空间外围设置了一层防火墙，非经过批准的专业人士都不可穿过这层防火墙。
未知网域：
被隔绝在防火墙之外的未知网域，笼罩在黑暗与迷雾之中。
数码世界与人类世界签订和平协议后，仍有很多敌视人类的数码兽，它们被驱逐出了数码世界进入未知网域，没有人知道它们经历了什么，但发现防火墙的裂隙后，这些数码兽们开始不断尝试入侵虚拟空间。
阿帕岛：
虚拟空间内最大的岛屿，在空间诞生之初就已经存在，位于虚拟空间的中心。绝大多数重要建筑都设在主岛「阿帕岛」上，也是虚拟空间的居民们主要活动的区域。
DTF为方便对主岛进行规划管理，将DTF总部设立悬浮于主岛旁边的上空。
人物介绍：
姓名：山崎美咲
性别：女
兴趣爱好：唱歌，和小妖兽一起吃冰淇淋
年龄：17
外貌：琥珀色的眼睛，浅栗色的中长发，平时会