基本具备了一定的基础知识。现在学生们已经能够熟练地测量物体的质量，能够提纯和分离日常的化学物质，在做实验的时候，已经能够得到比较精确的结果，对事物的研究正在向追寻本质的方向发展。
学生们已经在疯狂地进行实验，用各种各样的东西进行实验，看看各种物质进行反应，能够得到什么产品，都有什么特性。
在这个过程中，硫酸、硝酸、盐酸被发现了，并且以这三种酸为基础，一些以前没有见过的元素也被发现了。
这个时候，一个叫吴鸿的人，提出了一个疑问：那就是为什么碳元素和氧气燃烧，生成的产物会完全不同。一种是完全不支持燃烧的气体，而另外一种则是能够燃烧的气体。
到了这个时候，李峰写了一篇文章发表在了皇家学院的学报上，题目就叫《微观世界》。
在这篇文章里，李峰提出了一个“假说”：这个世界是由许许多多的的微小颗粒组成的。这些微小的颗粒叫做原子，是构成物质的基本粒子。原子与原子之间，又有所不同，因此组成了不同的元素。原子和原子之间，通过化学反应，可以形成新的分子，这种由分子构成的物质，便是化合物。根据在实验中，各个物质反应的质量的比值，就可以计算出各种原子的质量比值。
在文章中，李峰提出来，将化合物命名的标准，比如说一个碳原子和一个氧原子构成的分子组成的化合物，就叫一氧化碳，一个碳原子和两个氧原子构成的分子组成的化合物就叫二氧化碳。
这一篇文章的发表，顿时在学院里掀起了一阵大争论大讨论，无数人用实验去验证李峰的说法，也有人用想用实验来测试原子的质量。更有人还想改进显微镜，看看能不能看到原子。
朱由校看到这篇文章之后，也是十分震惊，急急忙忙就赶到皇家学院来找李峰讨论这原子的事情。
“李爱卿，你说的这个原子，是不是就是这个世界的本源？”朱由校自从看了这篇文章之后，成天满脑袋都是在琢磨这事情，一闭眼就有无数的原子飞过。
“陛下，微臣觉得是，但也不全是！”李峰笑着回答道：“微臣认为，这个原子组成了我们这个世界上物质，但是，或许那原子也是可以在分成更小的部分，但是这就需要我们继续去探索了。”
朱由校听到了李峰的话，接着又抛出了一个问题：“李爱卿，按照你这个理论，那这些原子又是如何组成分子的？为什么有些元素之间能够生成化合物，而有些元素又不行？”
这几个问题，李峰当然知道答案，但是他不准备将这个答案马上就说出来，只是将这些问题刊登在了下一期的学刊上。
朱由校没有得到答案，十分不甘心，便住在皇家学院里，与广大师生们一起讨论。这一住下，朱由校才发现官邸里十分温暖，远比在皇宫里住得舒服多了。于是立马就将张皇后和几个妃子也叫了过来，干脆就在皇家学院里住下了，而且住下就不想走了，看那样子，冬天不过去是不打算离开了。等到见到张皇后的时候，李峰这才发现张皇后的腰肢似乎粗了一圈，悄悄询问了一下，果然是有了身孕。
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