经来源、房山、昌平诸县，直达北京居庸关，然后又由北向东，至怀柔的四海关、与“外边”长城相接，以紫荆关为中心，大致成南北走向。“内三关”长城在很多地方和“内边”长城并行，有些地方两城相隔仅数十里。除此以外，还修筑了大量的“重镇”，雁门关一带的“重城”就有24道之多。明长城属于太祖所设的北方三道防线的最后一道。
第一道防线：在明开国之初，国势比较强盛，在内蒙古地区，控制了许多军事据点，其中主要的有吉林船厂、亦集乃旧城、大宁卫、开平卫、及东胜卫三个重镇呈三角形。明太祖在漠南借地利屯田牧马助军资，以图反攻岭北继承元朝这个仅存的行省，漠南所设置的诸多卫所都远在长城以北。当初大明“设东胜城于三降城之东，与三降城并。东联开平、独石、大宁、开元；西联贺兰山、甘肃北山，通为一边。地势直，则近而易守。”可是不久第一道防线被永乐爷孙破坏。
第二道防线：塞王指明朝在尊王攘夷思想下制定的镇守边塞扩土开疆的藩王，即从东到西是指韩王、沈王、辽王、宁王、齐王、燕王、谷王、代王、晋王、秦王、庆王、安王、肃王。十三王“皆塞王也，莫不敷险隘，控要塞，佐以元戎宿将，权崇制命，势匹抚军，肃清沙漠，垒帐相望。”同时，还经常派遣宗王出边巡狩。
洪武二十四年三月，“命齐王槫率护卫骑兵于开平近地围猎。”在开平卫周边地带围猎，时间大约在当年的三月至八月，名为围猎，主要为了围剿残元军队继承元朝岭北行省，这是朱元璋宗王出镇制度的一个具体表现。既“我若征你，不胡乱去，一程程筑起城子来，慢慢的做”的打法。
洪武三十年夏四月，朱元璋敕谕晋王“备边十事”，包括检阅开平地区的驻军情况，设置斥侯，开展屯田生产等边务，并交由晋王等全权负责，晋王亦掌管东胜卫附近诸卫所。肃王掌管居延海附近卫所，居延海一带水草丰美，又有弱水及其支流张掖河同河西走廊相接，是蒙古人南下的主要途径，洪武二十六年之后，朱元璋在离亦集乃不远的地方设置了威远守御千户所，在肃州与居延海中间设立了威虏卫、白城子守御千户所。这一卫二所成为明军出征蒙古的据点。
所谓行都司疆域“东一千一百七十五里，至于临挑府之兰州界;南一千五百七十五里，至于西宁卫之黄河界;西五百七十里，至于肃州卫之嘉峪山，北一千五百里，至亦集乃地”。宁王在长城以北“就藩大宁。大宁在喜峰口外，古会州地，东连辽左，西接宣府，为巨镇。统塞上九十城，带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫骑兵，皆骁勇善战。”第二道防线还是被永乐爷孙破坏。
第三道防线：主要配合明太祖北伐所加固修缮，洪武元年朱元璋派徐达等来修筑居庸关、古北口、喜峰口等处的城关后发动第一次北伐；洪武四年又发动蔚、忻、崞三处民工和士兵协力修筑加固上述长城后发动第二次北伐。到了明洪武十一年，太祖令徐达建古北口关城后发动第三次北伐，洪武十四年修建老龙头长城、小河口长城后发动第四次北伐和第五次北伐。此后，明王朝虽仍很重视北方边地的防务，但仅是加强边将出卫巡逻而已，并无需大筑长城。
到了建文中期，“自宣府迤西迄山西，缘边皆峻垣深濠，烽堠相接。……其敕书云：‘各处烟墩务增筑高厚，上贮五月粮及柴薪药弩，墩旁开井，井外围墙与墩平，外望如一’。重门御暴之意，常凛凛也”。其所修缮的重点，是在河北宣化以北迤西至山西大同以北的外边长城。