李成梁遇害后，万历升任辽东副经略杨镐为辽东经略，经过近半年的筹备，各路援兵皆已到京，太子在李进忠、牟荣添、李天目等人的保护下，二次随军东征。
在出发前，杨镐召开军事会议，他的战略是，以努尔哈赤老巢赫图阿拉城为目标，分进合击，四路会攻，一举将其围歼。
李如柏表示反对，他认为分进合击，有可能被努尔哈赤各个击破，建议合兵一处，步步为营，稳扎稳打。
杨镐不同意这个做法，坚持自己的战略，他是最高指挥官，具有决策权，李如柏只得听命。
明军共计八万六千余人，这其中包括宣府、大同、山西三镇的精骑约三万；宁夏镇、甘肃镇、延绥镇、固原镇四处，共约两万五千人；广东、四川、陕西、浙江、山东、南北直隶，共约两万五千人；永顺、保靖、石州各处土司兵，河东西土兵，共约七千人。
另外，盟友海西女真叶赫部发兵一万人，高丽发兵一万三千人，三方合计十一万余人，对外宣称八十万。杨镐要从气势上吓倒努尔哈赤，心想：“吓也把他吓死。”
但努尔哈赤可不是吓大的，这位戎马半生、久经大敌的沙场老将，早已摸清了明军的底细。
在战前军事会议上，杨镐命辽东总兵熊廷弼率三万精兵担任主攻，由沈阳出抚顺，入苏子河谷，从西面进攻；命沈阳总兵李如柏率二万五千人，由西南面进攻；命辽阳总兵刘綎带一万余人，会合高丽军，经宽甸沿董家江北上，由南面进攻。
又命抚顺总兵李如梅率一万五千人，出开原，经三岔儿堡，入浑河上游地区，从北面进攻。命参将满桂驻守辽阳，作为机动增援部队。
再命参将李光荣率本部人马驻守广宁，保障后方交通；命辽东副总兵窦承武驻前屯监视蒙古各部；命管屯都司王绍勋总管运输粮草辎重。
杨镐和朱常洛则坐镇沈阳，居中指挥。为了鼓舞士气，杨镐在出征前，奏上《擒奴赏格
》，经兵部尚书崔呈秀复奏，万历批准，内阁拟诏，颁布实施。
赏格规定：“擒斩努尔哈赤者，赏银五万两，升都指挥使；擒斩其四大贝勒者，各赏银一万两，升指挥使；李永芳、佟养正等叛将，若能俘献努尔哈赤或其四大贝勒，可以免死。
“叶赫贝勒金台石、布扬古若能擒斩努尔哈赤，将给予建州敕书并封龙虎将军、散阶正二品。若擒斩努尔哈赤的十二亲属伯叔弟侄，及其中军、前锋、领兵大头目、亲信领兵中外用事小头目等，一律重赏并且封授世职。”
杨镐准备的还算充分，把动静闹得不小，信心满满、胸有成竹的坐镇沈阳城，等着听捷报。结果捷报未至，噩耗却传来，负责主攻的西路军在萨尔浒几乎全军覆没，主将熊廷弼在祖大寿、吴襄的誓死保护下，重伤逃回沈阳，算是捡了一条命。
杨镐和朱常洛闻讯，皆是大惊失色，杨镐拍着桌子叫道：“怎么会这样？”
原来努尔哈赤在赫图阿拉城外大破明军之后，便相继收复了先前丢失的萨尔浒、界凡、古勒、歇马这四城。皇太极在辽东各地安插了数十奸细，大明刚一发动二次东征，皇太极就得到消息了，告知努尔哈赤。
努尔哈赤让皇太极密切关注明军动向。皇太极发现刘綎军作为先头部队，自宽甸北上，熊廷弼率明军主力出抚顺东进，由于行进过快，孤军突出。
努尔哈赤获悉后，决定以五百兵马在赫图阿拉城南牵制刘綎军，趁其它几路明军进展缓慢之际，集中兵力，迎击熊廷弼部。
其时，努尔哈赤的新军已训练成形，大约一万余人，又和蒙古科尔沁部落结盟，得到科尔沁部五千蒙古铁骑援助。
熊廷弼虽有三万大军，兵力是努尔哈赤的二倍，但即便都是大明的精锐部队，战斗力和女真蒙古联军也没法比，萨尔浒一战，被杀的大败亏输，片甲不留。
几天后，噩耗再次传来，北路明军也几乎全军覆没。
原来李
如梅率领的北路军行至萨尔浒东北方尚间崖附近，得知熊廷弼的主力部队全军覆没了，不敢孤军深入，将军队分驻三处就地防御。
料想努尔哈赤不久便会来攻，命军卒环营挖掘三层堑壕，将火器部队列于壕外，骑兵继后。
又命两个儿子李耿忠和李纯忠各率五千人马，分屯大营数里之外，以成犄角之势，并环列战车以阻挡敌骑兵驰突。
努尔哈赤在歼灭明军主力后，兵锋直指李如梅部，尽管李如梅准备很充分，但明军的防御工事在女真和蒙古联军的铁蹄下，仍是不堪一击。一仗下来，明军被打得稀里哗啦，仅李如梅父子等十几名将官逃回沈阳。
杨镐见两路人马都叫努尔哈赤灭了，心知剩下那两路也危险了，为保存实力，和朱常洛商量，想把那两路人马调回来，再从长计议。
朱常洛点头应允。杨镐派传令官飞马前去通知。几天后，负责通知刘綎部的传令官哭丧着脸回来禀报道：“大帅，东路部队全军覆没了，刘总兵阵亡。”
原来刘綎部因山路崎岖，行进困难，没能如期抵达赫图阿拉城。因不知西路、北路已败，仍按原定计划开进。
努尔哈赤击败李如梅的北路