将军队后撤至京都，避开可以利用海运机动的明军。
从而能够将明国军队主力诱至京都决战。
幕府认为京都有天皇存在，如果明军攻击京都，各地的藩国不可能坐视天皇沦于明国之手。
所以，收缩兵力在京都寻求最终决战，对于幕府方面是极为有利的。
幕府新的战略变动很快通过菊机关传到了魏公公案头，公公批示皇军要排除万难攻占京都。
明日双方不断在京都方向投入兵力，皇军除近卫师团全部、台湾警备师团两个联队、台湾义勇皇协军、福建、浙江兵丁，皮岛特别支队等兵力，总兵力已达五万余人。
但这些部队分散在奈良、津市、大坂一线，故为统一指挥，合成各部加强战斗力，魏公公特令大本营组建京都派遣军，又名第一军。
第一军由近卫师团全部、台湾警备师团一个联队、台湾义勇皇协军等组成。
此外部队归“有喜支队”、“学文支队”统一指挥。
海军方面之陆战部队负责控制沿海港口。