建宁元年，灵帝即位。灵帝尊窦皇后为皇太后，身为三君之首的窦武因为是皇太后父亲的缘故而被任命为大将军。通过窦武的关系陈蕃再度被任命为太尉，两人与司徒胡广一起掌握朝政。名士李膺、杜密、尹勋、刘瑜等人得以重新被起用，民间大多认为，贤人在朝，太平盛世快要来了。
宦官首领曹节、王甫等人在窦太后面前谄媚侍奉，窦太后多次在他们怂恿下乱下命令。陈蕃、窦武等人认为宦官这样干涉朝政不是长久之计，将来必生祸患。于是他们私下商议，趁日食的天象上书太后，要求革除宦官参政。但窦太后认为从元帝时就有宦官参政，是正常现象，加上曹节等人在旁怂恿，这事也就不了了之。后来虽然在窦武等人的强烈建议下处死了宦官管霸、苏康等，窦太后却保住了曹节等人，不愿士人处罚他们。
不久之后，又出现了太白金星经房宿，由上将星入太微垣的天象。这在星象上来说是不祥之兆，象征奸佞在皇帝身旁，大将军有灾难。窦武等人于是借这由头准备动手除去宦官曹节、王甫这一伙人。
九月初七辛亥日，窦武轮到休假日出宫回家。宦官偷出他的奏折，得知了士人们的计划，因而连夜歃血共盟发动政变。宦官们与皇帝的乳母赵娆一起，蒙骗年幼的灵帝，格杀亲近士人的宦官山冰等人，以雷霆之势抢夺印、玺、符、节，胁迫尚书假传诏令，劫持窦太后，追捕窦武、陈蕃等。
年过八旬的陈蕃闻讯，率太尉府僚及太学生数十人拔刀剑冲入承明门，到尚书门因寡不敌众被擒，当即遇害。
窦武闻讯后火速赶往步兵营起兵对抗。有着“凉州三明”之称的护匈奴中郎将张奂此前率军出征，此刻刚回到京师，尚未了解局势，宦官等人假传窦氏叛乱的诏令骗过了他。不明真相的张奂于是与少府周靖率五营士兵和王甫所率领的一千多虎贲军、羽林军一起进攻窦武。
窦武身陷重围，死战不能脱，只得无奈自杀。他的宗亲、宾客、姻属以及侍中刘瑜、屯骑校尉冯述等人皆被灭族。虎贲中郎将刘淑、尚书魏朗等也被诬陷而被迫自杀。窦太后被软禁在南宫，李膺等再次被罢官，并禁锢终生。
议郎巴肃参与了窦武的计划，但宦官不知道，只是将他禁锢而已。巴肃认为“为人臣者，有谋不敢隐，有罪不逃刑，既不隐其谋矣，
又敢逃其刑乎！”，自己投县官官衙就案，县官要解印与他一起逃亡，他不同意，随即被害。
陈蕃的友人朱震弃官痛哭，收葬了陈蕃的尸体，并将他的儿子陈逸藏到甘陵，被人告发。朱震全家被捕，都受到酷刑，然而朱震誓死不肯说出陈逸的行踪，陈逸得以幸免。
窦武的府掾胡腾收葬了他的尸体，为他发丧，也被禁锢终生。窦武的孙子窦辅才两岁，被胡腾收留并冒认为自己的儿子。胡腾与令史张敞一起将他藏匿在零陵，窦辅也得以幸免。
护匈奴中郎将张奂因平叛的功劳被宦官们提拔为大司农，并要给他封侯。张奂因深恨自己被曹节等欺骗，害死国家忠良，铸成大错，坚决拒绝不肯受印。张奂不久后趁天象变化而上书灵帝，要求为窦武、陈蕃等人平反，迎回窦太后，并推荐李膺等出任三公。灵帝认为他说得有理，但宦官们纷纷进谗言，改变了灵帝的想法，反而追究张奂的责任。张奂自赴廷尉，被拘留数日，罚俸三月。最终因为得罪宦官集团，张奂也被罢官回家，禁锢终生。晚年归居故乡，授课著书，不再出仕。光和四年张奂去世，年七十八。遗令素服薄葬。
郎官谢弼上书也为窦武、陈蕃等人鸣冤，要求迎回窦太后，却被宦官贬职杀害。宦官等见窦武、陈蕃、李膺、杜密等名望仍在，知道若不斩草除根，庞大的士人集团早晚会卷土重来。于是一不做二不休，继续向灵帝进谗言，诬陷党人“欲图社稷”，意图谋反。年仅十四岁的灵帝被他们欺骗，因而大兴大狱，追查士人这一群党羽。
李膺、杜密、翟超、刘儒、荀翌、范滂、虞放等百余人被下狱处死。在各地陆续被逮捕、杀死、流徙、囚禁的士人达到六、七百名。汝南督邮吴导奉诏前往逮捕范滂，到了范滂的家乡，竟趴在驿舍的床上大哭，范滂听说后说道：“一定是因为我才会这样。”于是便要亲自前往监狱。汝南县令郭揖听说后解掉印绶，跟范滂一起逃跑。范滂说道：“我死了祸事就结束了，怎么敢连累您呢？”范滂与母亲诀别，范母对范滂说道：“儿今日能与李膺、杜密齐名，死亦何恨？”遂与李膺、杜密等百馀人被执，庾死。
此前曾得罪宦官的张俭四处流亡，在路途上看见人家就前往投宿，每户人家即便知道会引来杀身之祸也愿意收留他。张俭在众人的
帮助下得以逃亡塞外。因为收留他而被追究灭门的前后有数十家之多，宗族亲戚都被杀害，郡县因此残破不堪。
这就是臭名昭著的第二次党锢之祸。
八年之后，熹平五年闰五月，永昌太守曹鸾上书为党人鸣冤，要求解除禁锢。灵帝不但没有听从，反而收捕并处死曹鸾。接着灵帝又下诏书：凡是党人门生、故吏、父子、兄弟中任官的，一律罢免，禁锢终身，并牵连五族。
党锢之祸的范围扩大，波及更多的无辜者。直